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生物化工  
brd 4.0 生物反應器(發酵罐)設計軟件。
BioStat 4.4 BioStat B發酵罐控制程序。
PenSim v2.0 青霉素發酵模擬軟件。
SuperPro Designer 8.5b07 評估版 計算機輔助設計特別是生物工藝設計的軟件包。
進化分析  
WINIPAUP 1.0 PAUP軟件WINDOWS介面軟件。
phylip 3.695 進化樹分析軟件,并可繪制進化樹。
TreeView 1.6.6 進化樹處理軟件。
GeneTree 1.3 比較基因與種系進化樹的程序。
NDE 0.5.0 用來編輯NEXUS格式文件的程序。
TreeMap 3.0b 用來可視地比較主、從進化樹的程序。
Phyltools 1.32 計算與處理進化樹數據的軟件。
tree-puzzle 5.2 核酸序列、蛋白序列相似性分析及進化樹構建工具。
Archaeopteryx 0.9901 JAVA語言編寫的顯示進化樹文件軟件。
TREECON 1.3b Demo 構建和繪制進化樹的軟件包。
COMPONENT 2.0 分析進化樹免費軟件。
NJplot 2.4 小巧的顯示進化樹的免費軟件NJplot。
MEGA 6.0.6 免費分子進化遺傳分析軟件
PAUP 4 PAUP的快速使用手冊
TreeSAAP 3.2 蛋白序列進化分析軟件;
mesquite 2.75 進化分析軟件
PAL 1.51 進化分析java程序庫;
Vanilla 1.2 使用PAL編寫的進化分析命令行程序;
SplitsTree 4.13.1 JAVA程序編寫的分析和顯示進化數據軟件;
TCS 1.21 JAVA程序所寫的進化網絡分析軟件;
GEODIS 2.6 進化分析軟件;
RDP 4.46 Beta 重組分析軟件
FastME 2.0.7 快速精確的進化樹軟件;
T-REX 4.01 進化樹構建分析軟件;
FSTAT 2.9.3.2 基因差異分析軟件;
ProfDist 0.9.9 Beta 構建大進化樹軟件
STC 1.2 新的算法構建進化分析軟件,
Phylogenetic Visualization tool 進化樹顯示工具
PHASE 2.0 序列進化分析軟件;
BAMBE 4.01a 分子生物進化分析軟件;
jMODELTEST 2.1.7 核苷酸替換DNA進化最優模型分析軟件。
ModelPie 1.01 MODELTEST圖形操作介面軟件
Clann 3.2.3 以色列科學家編寫進化樹分析軟件;
Phylogenetic Independence 2.0 進化獨立性分析軟件 ;
Jevtrace2 v3.16b JAVA語言寫的進化分析軟件;
NimbleTree 2.6 建立進化樹軟件;
Phylogen 1.1 構建進化樹軟件;
BEAST 2.2.1 貝葉斯進化分析軟件
MESA 1.9.23 宏進化分析和模擬軟件;
TreeJuxtaposer 2.1 進化樹比較分析軟件;
TreeExplorer 2.12 進化樹繪制顯示軟件;
TreeMe 07/2008 進化樹生成和顯示軟件;
DNATREE 1.3 DNA序列進化分析軟件
Genie 3.0 系譜間隔分析軟件
Pebble v1.0 進化分析軟件;
ArboDraw 2006 進化樹繪圖軟件
MrBayes 3.2.5 進化樹分析軟件;
Network 4.613 進化樹生成軟件;
PhyDE 0.9971 進化數據編輯器;
PRAP 2.0b3 Parsimony ratchet分析軟件
PPG 1.2.0 制作系統發育圖譜軟件。
CopyCat 2.03 聯合進化樹分析工具.
Dendroscope 3.2.10 大進化樹顯示軟件
TreeGraph 2.4.0-456 beta 進化樹圖編輯軟件
SeqState 1.41 進化DNA數據的引物設計序列統計軟件
CDTree 3.1 蛋白序列進化樹分析繪圖軟件。
TreeDyn 198.3 進化樹分析動態作圖標記軟件。
Baobab 3.31 Java語言編寫的大進化樹編輯軟件。
Bosque 2.0 alpha 增加圖形化進化分析軟件。
DoubleTree 0.7 比較兩個系統進化樹軟件。
figtree 1.4.2 進化樹圖像顯示軟件。
DensiTree 2.2.1 進化樹集定量分析,后驗分布顯示工具軟件。
Leaphy 1.0 大相似算法maximum likelihood (ML)分析進化樹軟件。
Phylodendron 0.8d 進化樹繪制軟件 。
RASP 3.2 系統發育祖先性狀重構軟件。
圖像處理  
Image Tool 3.0 科學用途的處理圖像軟件。
ImageJ 1.48 用Java語言寫成的科學用途的處理圖像軟件。
Fiji 20141125 ImageJ軟件的改裝版
Cross Checker 2.91 基因指紋圖分析軟件。
ALFmap 1.22 ALF (Amersham Pharmacia) 圖像格式轉換軟件。
Melanie Viewer 7.0 免費Melanie圖像查看器。
TotalLab Quant 12 評估版 圖像分析軟件。
QuantiScan 3.0 Demo 使用簡單功能專一的凝膠掃描、分析軟件。
Engauge Digitizer 5.2 圖形數字化軟件?梢詫⑶圖轉化為數據與等式。
Graph Digitizer version 2.16 圖形數字化軟件。
Peak Explorer 2.11 處理試驗圖譜圖像軟件。
Volocity Demo 6.3 免費顯微圖像處理軟件。
GetData 2.26 圖像數字化處理軟件。
Bersoft Image Measurement 8.47 圖像數字化處理軟件。
DigitizeIt 2.0 圖像數字化處理軟件。
CellC v1.2 微生物顯微圖像處理軟件。
Grid cell counter 0.9.9.8 免費細胞圖像分割計數軟件 。
BioImageXD 1.0 免費生物醫學圖像處理。
CoPlot 6.4 科學圖像處理軟件
CP ATLAS 2.0 薄板與凝膠圖像處理軟件
Gel Analyzer 2010a 1D凝膠圖像分析處理軟件。
TMAJ 3.4.0 開源的組織微陣列(Tissue MicroArrays)顯微圖片分析處理軟件
GelQuest 3.1.7 分析DNA指紋圖譜軟件
TinyQuant v1.55 小巧的凝膠圖像分析軟件
Vaa3D 2.92 三維圖像分析處理軟件
AxonTracker 1.0 三維圖像處理軟件
OMERO 5.1.1 生物顯微軟件顯示、管理、分析客戶端-服務器軟件
Bio-Formats 5.1.1 生命科學圖像文件各種格式化讀取和生成Java程序庫
VisBio 3.40rc1 生物多維圖像分析顯示軟件
EMAN 2.1 透射電子顯微鏡圖像處理軟件
化學應用  
mmcalc 1.8 分子量計算器。
periodic table 1.1 小巧的元素周期表。
Periodic Table 3.2.0 高級元素周期表。
CFT 1.3 化學式教師。
Model ChemLab v2.5.1 化學實驗教育軟件及其漢化版
Molecular Weight Calculator 6.50 免費的分子量計算器。
Chemulator 常用化學計算器。
WinIAP 計算離子活度與方解石飽和指數軟件 。
SimChemistry 2.2 化學教學和實驗的分子動態模擬軟件。
Chemistry Problems 1.0 自行生成各種基礎化學的練習題軟件。
序列比對綜合分析  
Geneious 8.0.3 序列綜合分析軟件;
MACAW 2.05 多序列構建與分析軟件。
Clustal W 2.1 用來對核酸與蛋白序列進行多序列比較的軟件。
Clustal X 2.1 Clustal W Windows界面程序。
FASTA 36.3.6f 數據庫中查找同源序列軟件。
BLAST+ 2.2.28 數據庫中查找類似序列的軟件及客戶端軟件。
SeqPup 0.9 生物分子序列編輯與分析軟件。
K-Estimator 6.1v 進化基因學研究軟件,評估兩條核酸序列核苷酸替代數。
BioEdit 7.2.1 序列編輯器與分析工具軟件。
DAMBE 5.3.48 綜合性序列工具軟件。
SeaView 4.4.2 圖形化多序列隊列編輯器。
Jalview 2.8 用Java語言寫的多序列隊列編輯器。
DNASIS Max Trail 3.0 序列綜合分析工具。
Genamics Expression 1.1 演示版 是一個DNA與蛋白序列分析工具。
Vector NTI Viewer 4.0.1 載體查看軟件。
Jellyfish 3.3.1 多功能序列分析軟件。
ProSeq 3.5 核酸序列編輯與種群遺傳學分析軟件。
SMS 2 DNA與蛋白序列分析與格式化在線工具集合。
Staden 2.0.0b9 綜合序列裝配、編輯、分析軟件包。
ISYS v1.35 NCGR開發的用JAVA語言寫成的數個不同類生物信息軟件與數據庫的軟件集合平臺。
PhyloGrapher(2003.4.3) 用來顯示與研究相類似的基因與蛋白序列之間的進化關系的軟件。
Vector NTI Advance 11.5.2 Demo 綜合性蛋白核酸分析工具包。
SeWeR 3.0 基于WEB的常用序列分析工具集。
WinBlast v.0.2.0 免費的NCBI BLAST程序windows界面程序。
SeqVISTA 1.81 java語言編寫的核酸或蛋白序列圖像顯示、比較軟件
GENOME EXPLORER 1.0b Java語言編寫的生物信息學綜合工具軟件
PowerBlast 1.2.0 序列比較分析軟件Blast的擴展軟件
JAligner 1.0 基于Smith-Waterman算法的序列比對軟件
DNAMAN 8.0 Demo 多功能綜合序列分析軟件演示版
CLC Sequence Viewer 7.5 免費的生物信息學綜合軟件。
MAFFT 7.205 多序列比對軟件。
Exonerate 2.2 比對軟件
Lalnview 3.0 雙序列比對圖形顯示軟件;
NeoBio 1.0 pre-alpha 序列比對java軟件;
STRAP 20140609版 多序列比對交互軟件。
Mauve 2.3.1 基因組比對軟件;
Laj 070222 用來處理、顯示比對結果的軟件;
YASS v1.14 本地序列比對工具軟件
Utopia 1.4.5 包括三維顯示軟件Ambrosia和比對結果顯示軟件cinema的軟件;
MolQuest trial 2.4.5 生物信息學工具軟件包;
GENtle 1.9.4 免費的DNA和蛋白序列編輯管理軟件
Align-m v2.3 多序列比對軟件
QAlign 2.10 多序列比對與編輯軟件
seqtools v. 8.4.071 核酸蛋白序列編輯分析軟件。
CGViz 1.3.5 生物分子數據查看軟件
BioSeqAnalyzer 1.0 demo 簡單生物序列分析工具
Topali 2.5 多序列比對統計和進化分析軟件。
IGV 2.3.40 顯示分析多種類型的遺傳數據軟件
EMBOSS 6.6.0 開放源代碼的序列分析軟件包
Biskit 2.4.0 結構生物信息學Python平臺。
geWorkbench 2.5.1 JAVA語言開發的生物信息學工作平臺軟件。
SnS-Align 簡單的結構和序列比對軟件
UGENE 1.15 綜合生物信息學工具軟件
CHROMA 1.0 多序列比對注釋軟件
Recco 0.93 重組和突變相關比對分析軟件
bioxm 2.6 用于DNA序列資料的常規分析軟件
SEQWAN 2.0 序列分析工具blast+ 、muscle和blat圖形界面程序
Sequlator 2013 免費多序列比對編輯器
ngKLAST 2.5 BLAST 工具軟件
Chipster 3.6 高通量生物數據分析軟件
數據處理  
GraphPad PRISM 6.0 Demo 著名的數據處理軟件。免費的Prism 文件瀏覽器Free Prism Viewer 4.01。
CurveExpert Pro 2.2.0 實驗數據處理繪圖軟件。
DRS 2011 依據"最小三乘法"編制的數據回歸分析軟件。
TDMA 1.03 二劑量法生物效價測定軟件
LD50 1.01 LD50數據處理程序
biostat 5.3.0 生物醫學統計學軟件
CoStat 6.4 科學統計軟件
caBIG VISDA 1.0 數據聚類建模顯示統計分析軟件
DA 1.0 數據同化處理軟件
RReportGenerator 1.3.3 使用R語言的生物信息學常規統計分析軟件
雜七雜八  
DynaFit 4.06.007 (生物)化學動力學與化學平衡計算程序。
Migrate-N 3.6.4 從遺傳學角度,估算人口移民率程序。
arlequin 3.5.1.3 人口遺傳學軟件
FBAT 2.0.4 家族遺傳相聯檢驗的統計程序。
GGT 2.0 2010 圖形化基因型表示軟件。
CERVUS 3.0.7 使用共顯性標記數據推斷親緣關系的軟件。
SBW 2.11.0 系統生物學軟件包。
Gepasi 3.30 化學與生物化學反應動力學仿真與優化軟件。
FCSM 用來管理儲存在液氮容器中的生物樣品(例如細胞系、血清等等)的程序。
MICE 1.4 虛擬動物飼養設施,用來幫助管理飼養設施中的實驗動物軟件。
DbSolve Optimum r34 代謝及酶-受體結合模擬軟件。
boxit 2007 DEMO 管理生物樣品的數據庫系統。
GRR 1.2.1.41 檢測系譜誤差(pedigree errors)的應用軟件。
AceDB 4.9u 基因組數據庫軟件。
MAPL98、DIAL98與GEST98 日本學者編制的幾個統計基因學(Statistical Genetics )軟件。
PED 6.0.2 系譜(Pedigree)繪制軟件。
PEDRAW 2.5 系譜(Pedigree)繪制軟件。
MassXpert 3.4.0 幫助科學家預測與分析從蛋白組學研究中獲得的蛋白質質譜數據的軟件。
WinMDI ver 2.9 分析流式細胞儀數據文件的免費軟件 。
TestDNA 根據已知成份值生成細胞周期FCS文件的免費工具軟件。
Flow Cytometer Simulator 流式細胞儀模擬軟件
FCS File Mixer和FCS File Sanitizer 兩個流式細胞儀相關免費軟件。
生物五筆2002f 生物醫學專業輸入法 。
MapDraw 2.1 遺傳連鎖圖繪制軟件。
E-Cell 4.0.0 a1 對生物細胞等大型復雜系統進行建模,模擬和分析軟件。
生物醫學計算器(BioMedCalc)2.9 用于生物醫學計算的生物信息學專業軟件。
WEASEL 3.2.1 JAVA語言寫的流式細胞分析軟件。
REtools 5.0-101 實驗室限制酶管理軟件。
PEDIGREE VIEWER 6.5b 制遺傳圖譜軟件 ;
ezFreezer 1.4.8 Demo 冷凍管管理軟件 。
FCSExpress 5.00.0068 Demo 流式細胞儀數據分析軟件。
BioDownloader 2.2.1.0 生物下載器
Cytoscape 3.2.0 java語言編寫的顯示生物分子交互作用網絡的生物信息學軟件;
Taverna 2.5 在生物信息學研究中使用工作流和分布計算技術工具軟件
APP 2.29 免費的免費的途徑繪制顯示軟件
EPE 3.0a13 注釋、顯示各種生物網絡、途徑的軟件
MetaPAT 07.02版 代謝途徑比對軟件
InforBIO V5.28 微生物數據分類數據庫軟件
Labmatica 2.2.3 RC1 免費實驗室信息管理系統
Flow Explorer 4.2 流式細胞儀數據分析軟件
FlowJo 10.0.7 流式細胞儀數據分析軟件
LDATAPP 2.0 將流式細胞儀文件FCS數據格式轉變為ASCII 格式文件軟件
cytowin 4.31 流式細胞軟件
Haploview 4.2 單倍型分析軟件
GeneSearch 2.1 中文基因合成設計軟件
MarVis Suite 2.0 代謝物標記顯示分析軟件
Arcadia 1.0rc2 代謝途徑顯示軟件
GRaPe 1.0 基因表達蛋白反應一般速率方程模擬軟件
VersaCount 1.02 顯微鏡細胞計數軟件
Cell Counter 3.2 細胞計數軟件。
ListMath 2.1 流式細胞數據結果數學分析軟件
GOLD 1.1 基因連鎖不平衡繪圖軟件
MetNetMaker 1.6.2 代謝網絡生成軟件
GNLab 大規;蛘{控網絡分析工具
GenAlEx 6.501 群體遺傳分析軟件Excel電子表格插件
BioNetBuilder 2 生成生物學交互網絡的Cytoscape插件
GSearcher 1.4 用于高效檢索的cytoscape 插件
GLay 分類分析算法和布局功能的cytoscape 插件
BioTapestry 7.0.0 建立基因調控網絡交互式軟件
BRM 2.3 生物信息學資源管理器
Mendel v14.3 定性與定量性狀遺傳統計分析軟件。
SimWalk 2.91 遺傳質量性狀隨機統計分析軟件
BayeScan 2.1 自然選擇分析軟件。
PBAT 3.61 基于遺傳圖譜的相聯檢驗的統計程序
CADLIVE 2.7 計算機輔助生物網絡設計軟件。
Mr.F 2.0.6 客戶端試劑耗材管理軟件 試劑耗材專家。
Bifido Punnett Square Calculator 4.0 final 預測遺傳雜交后代結果軟件
ParaCountStudio 3.1.0 細胞顯微圖像計數軟件。
NOVA 0.5 顯示分析復合物組數據軟件
TPP 4.8.0 西雅圖蛋白質組中心Seattle Proteome Center (SPC) 工具軟件合集
   

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